FazerBem Amigo, no JavaScript puro (client-side) não é possível consultar diretamente um banco de dados, a menos que esteja usando Node.js no backend, o que não é o caso aqui. No seu cenário, essa consulta é feita através de um arquivo PHP que atua como intermediário, acessando o banco de dados e retornando os resultados para o JavaScript via AJAX.
Portanto, se houver um problema na consulta, pode estar relacionado à lógica da requisição AJAX, à resposta do PHP ou a eventuais restrições no banco de dados, mas não ao PHP em si.